El catálogo de juegos indie para la eShop ya tiene su propia sección, lo que reitera, de algún modo, su apoyo a estos desarrolladores. La sección incluye más de mil títulos" nuevos, clásicos e indie", tanto para Wii U como para Nintendo 3DS. SteamWorld Dig, GunMan Clive, Moon Chronicles, Cave Story, Attack of the Friday Monster y muchos más aparecen en la lista. Nintendo ofrece que los desarrolladores puedan llegar a un público amplio a través de la eShop, con la ventaja de ofrecerlos a un precio, en su mayoría accesible.
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